clusterProfiler包
分析简介GO富集分析KEGG富集分析
输入数据：富集分析基因列表输出数据：富集结果输出结果：go.RData1234567891011121314151617181920212223242526272829303132333435363738394041424344# load packages -----------------------------------------------------------library(clusterProfiler)library(org.Bt.eg.db)library(readxl)# load data ---------------------------------------------------------------rna <- read_xlsx("gene.xlsx")SYMBOL <- unique(rna$geneSymbol)rna <- data.frame(SYMBOL)# Id transition ------------------------------------ ...
基因ID转换
写在前面的话：
基因ID在不同的生信软件和数据库中有不同的命名规则。因此，将基因ID进行转换是必备的生信技能。此文章主要介绍几个常用的基因ID转换网站及R包转换工具
BioMart工具
BioMart 是 Ensembl 网站提供的一个 web 工具。他的主要功能是进行基因功能的注释和跨数据库注释，还有就是基因ID的转换。
选择数据库和数据集
输入ID类型及基因集
限制一次500个ID转换
选择输出基因ID类型
注：查看数据基因ID信息
输出结果
BioDBnet
biological DataBase network，一个集成了大量生物数据库的应用程序，比如Gene, UniProt, Ensembl, GO等，由ABCC进行维护。它实际上包括多个应用程序，如dbWork，dbFind等。主要功能包括基因ID转换，基因功能注释，基因信息查找，还可以将基因ID转换成其他物种的同源基因ID等。
选择输入和输出ID类型
输入物种Taxon ID
输入数据集并提交结果
结果查看
BioDBnet其他工具dbWalk
适用于需要转换为多种ID类型
dbFind
自动识别输 ...
conda管理生信软件
conda管理生信软件写在前面的话：
linux作为非图形化操作系统，软件下载及管理相对于windows更加复杂。对于生信分析，conda能够很好的解决大部分软件的下载、安装及管理。最重要的是conda能够解决不同软件间的环境冲突。（miniconda是anaconda的轻量级替代，足够我们使用）
conda下载
清华大学开源软件镜像站:miniconda安装包查找
根据不同的电脑系统选择所需要的版本(windows, linux, MacOSX)
下载最新的linux版本示例：
1wget -c https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda2-latest-Linux-x86_64.sh
miniconda安装安装最新版linux示例：
1bash Miniconda2-latest-Linux-x86_64.sh
12345678910111213141516171819202122232425262728293031安装过程中可能会遇到下面的提示：Please, press ENTER t ...
