疑惑当铺

  • 什么是有义链/反义链(sense/antisense)？

    有义链是与mRNA具有相同序列的DNA链，又称编码链、有意义链。在转录过程中以反义链为模版，翻译成蛋白质。

  • 什么是正链(forward stand; Plus strand)/负链(reverse strand; minus strand)?

    人为规定的一条链，DNA的一条链被认为是正链，另一条链就是负链。

  • 基因结构是什么样的？

    转自知乎

  • 核苷酸的歧义代码

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    Y     Pyrimidine (C or T) 
    R     Purine (A or G) 
    W     Weak (A or T)
    S     Strong (G or C) 
    K     Keto (T or G) 
    M     Amino (C or A)     
    D     A, G, T (not C - remember as after C)
    V     A, C, G (not T - remember as after T/U - We'll get to "U" soon) 
    H     A, C, T (not G - remember as after G)
    B     C, G, T (not A - remember as after A)
    N     Any base
    -     Gap

  • RNA-Seq标准化：CPM、RPKM/FPKM、TPM

    转自生物信息技术

  • RNA概述及其分类

    基因只占人类基因组的3%，其余97%都是非编码序列。非编码序列也是可以表达的，其产物就是非编码RNA。人类基因组中约93%的DNA是能转化为RNA的，其中2%是mRNA,98%是非编码RNA（ncRNA）。非编码RNA(ncRNA)可分为调控RNA 和管家RNA两种。

    • miRNA:微RNA(micoRNA),18-25nt，单链。
    • siRNA:小干扰RNA（smallinterferingRNA）,21-23nt，双链。
    • piRNA:piwi相互作用RNA（piwi-interacting RNA）,26-35nt，单链，这是动物生殖细胞所特有的小RNA，转座子沉默。
    • lncRNA：长非编码RNA(long non-coding RNA),>500nt,比如Xist、PCGEM1等。lncRNA可通过折叠形成一定的空间结构与多种蛋白互作，也可通过碱基互补配对与其它核酸进行识别，这种识别又可将蛋白引导至特定序列位点，这些特点使得lncRNA在发育和癌症中的功能发挥得更加丰富。
    • rRNA：核糖体RNA（ribosome RNA）,26-35nt，单链，是构成核糖体的组织成分，有多种不同的大小，如28S，18S，5S等。
    • tRNA：转运RNA（transfer RNA）,70-80nt，单链，三叶草构型，在蛋白质合成过程中起到转运氨基酸的作用。对于不同的物种，其RNA分子的大小和种类都可能有所不同。
    • snoRNA：核仁小RNA（smallnucleolarRNA）
    • scaRNA：small cajal boby-specific RNAs，是一种特殊的核仁小RNA，专一位于卡哈尔体（cajal boby）上，可以催化核糖核蛋白的生成。
    • Telomerase RNA：端粒酶RNA，是端粒酶RNA的一部分，在端粒延伸过程中，作为端粒继续延伸的模板，由端粒酶催化实现端粒的延长。

  • Markdown cheatsheet

  • 统计学基本概念名词